L'irrigazione è una delle principali attività di gestione dei bonsai. Sembra semplice, ma non è facile annaffiare nel modo giusto. L'irrigazione dovrebbe essere effettuata in base alla specie della pianta, ai cambiamenti stagionali, al periodo di crescita, al periodo di fioritura, al periodo di dormienza e alle condizioni meteorologiche della pianta. Padroneggiare il tempo e la quantità di irrigazione è fondamentale per la crescita delle piante. La morte di alcuni bonsai è direttamente correlata a un'irrigazione inadeguata.

Oltre a fornire acqua e nutrienti alle piante in vaso, il terriccio ne mantiene anche la normale respirazione. Quando il terriccio è sufficientemente umido, le particelle si espandono, estraendo l'aria dagli spazi tra di esse e causando una mancanza d'aria nel terriccio; quando il terriccio è secco o relativamente secco, le particelle si restringono, il volume si riduce e si formano nuovamente degli spazi tra le particelle. Gli spazi vengono riempiti d'aria.

Man mano che il terreno passa da asciutto a bagnato, l'aria nel terriccio del vaso circola costantemente, permettendo alle radici delle piante di respirare normalmente. Dopo ogni annaffiatura, le radici delle piante saranno in grado di tollerare la mancanza di ossigeno nel terriccio in breve tempo. Tuttavia, se il terriccio del vaso rimane troppo umido per lungo tempo, con conseguente carenza di ossigeno a lungo termine, si verificheranno erosione radicale e altre malattie; se il terreno rimane asciutto per lungo tempo, sebbene vi sia sufficiente ossigeno nel terriccio del vaso, le piante non riescono ad assorbire acqua per lungo tempo, il che è dannoso per la crescita delle piante e potrebbe persino causarne la morte. Pertanto, quando si annaffiano i bonsai, è importante seguire il principio "non annaffiare quando sono asciutti, annaffiarli abbondantemente".

Irrigazione insufficiente e disidratazione delle piante causeranno l'appassimento e l'appassimento dei rametti, mentre le foglie appassiranno, ingialliranno e cadranno. Nel caso delle conifere, gli aghi diventeranno morbidi e perderanno la loro consistenza robusta e pungente. In caso di grave carenza idrica, la corteccia dei rametti si restringerà come una pelle d'oca. Se si verifica questa situazione in estate, è consigliabile spostare immediatamente la pianta in un luogo ombreggiato. Dopo l'abbassamento delle temperature, spruzzare prima l'acqua sulle foglie, quindi versare un po' d'acqua nel vaso e, dopo un'ora, annaffiare abbondantemente.

Per le piante gravemente disidratate, assicuratevi di non annaffiare troppo in una volta sola, perché in questo caso la corteccia radicale si restringe e si avvicina allo xilema. Se viene fornita improvvisamente una grande quantità d'acqua, l'apparato radicale si espanderà a causa del rapido assorbimento d'acqua, causando la rottura della corteccia e la morte della pianta. È quindi necessario un graduale processo di adattamento. Dopo che le piante gravemente carenti d'acqua hanno subito il trattamento sopra descritto, è meglio tenerle all'ombra per alcuni giorni e poi coltivarle al sole una volta che saranno diventate più forti. Tuttavia, non esagerate con l'acqua. Oltre a far crescere le piante in modo smisurato, compromettendone la forma e il valore ornamentale, un'irrigazione eccessiva può anche facilmente causare marciume radicale e morte. I vasi per bonsai in miniatura richiedono meno terra, quindi è particolarmente importante annaffiarli al momento giusto e nella giusta quantità.